سید جعفر شهیدی در سال 1297 هجری شمسی در شهر بروجرد به دیده به جهان گشود.
تحصیل مقدماتی اش را در زادگاه خویش، بروجرد آغاز کرد. آنگاه به تهران روی آورد و تحصیلات تکمیلی خود را در این دیار از سر گرفت.
سید جعفر، پیشتر با نام "سجادی" شناخته می شد. پس از مدتی نام (شهیدی) را برای خود بر گزید و با این نام در مراكز علمی و دانشگاهی شهرت یافت.
وی سالیانی چند در حوزه علمیه، به درک محضر آیت‌الله العظمی بروجردی و دیگر بزرگان حوزوی توفیق یافت.
پس از آشنایی با دکتر محمد معین به حضور استاد علامه مرحوم دهخدا رسید و بعد از تشكیل سازمان لغت‌نامه دهخدا، معاونت سازمان را عهده درا شد.
سال 1320 برای تحصیل علوم دینی و فقه و اصول راهی نجف می‌شود، اما بعد از هشت سال، بیماری ناگزیر او را به ایران بازمی‌گرداند. هر هفته باید خود را به پزشك نشان می‌داده، در نتیجه از رفتن به حوزه بازمی‌ماند. برای گذران زندگی و به منظور ترجمه‌ی متون عربی، نزد دكتر سنجابی ـ وزیر فرهنگ وقت ـ می‌رود، اما به او اشتغال به تدریس پیشنهاد می‌شود. با ماهی 150 تومان در دبیرستان ابومسلم مشغول می‌شود و بعد كه به او می‌گویند با مدرك لیسانس حقوقش به 300 تومان خواهد رسید، بدون شركت در كلاس‌ها، لیسانس الهیاتش را با بهترین نمره‌ها می‌گیرد.
اما از توصیه‌های استاد این است كه: «سعی كنید امروزتان بهتر از دیروز باشد. از كاری كه برای اجتماع می‌كنید، انتظار پاداش نداشته باشید و تكیه‌تان بیش‌تر بر معنویات باشد»
سپس علامه دهخدا از سیدجعفر شهیدی دعوت به همكاری می‌كند و در نامه‌ای به دكتر آذر ـ وزیر فرهنگ وقت ـ می‌نویسد: «او اگرنه در نوع خود بی‌نظیر، ولی كم‌نظیر است». دهخدا در این نامه می‌خواهد كه به جای 22 ساعت، به او شش ساعت تدریس اختصاص دهند؛ تا بقیه‌ی وقتش را در لغت‌نامه‌ی دهخدا بگذارند. مدتی این‌گونه می‌گذرد، تا سال 1340 كه با مدرك دكتری به دانشگاه منتقل می‌شود. تدریس در دانشگاه تا سال‌های 45، 46 ادامه پیدا می‌كند، اما بعد با ناامنی دانشگاه، دانشجویان خود را به لغت‌نامه می‌برد؛ كه تا چندی پیش كه استاد با ناراحتی جسمی مواجه شد، پس از سال‌ها، هنوز هم دانشجویانش چهارشنبه‌ها به لغت‌نامه می‌رفتند، تا در محضر او كسب فیض كنند.
شهیدی اولین كتابش را در نجف در رد احمد كسروی می‌نویسد، هرچند بر خوب بودن كارهای تاریخی او ـ تاریخ آذربایجان، تاریخچه‌ی چپق و قلیان، مشعشیان و... ـ تأكید داشت. دیگر كتابش، سه جلد «جنایات تاریخ» توسط ساواك توقیف می‌شود، اما بعدها با گذشت دوره‌ی زمانی، بعضی مطالب انتقادی را چندان ضروری نمی‌بیند و آن‌ها را از چاپ بعدی حذف می‌كند.
آثار وی عبارتند از:
از جمله آثار ماندگار استاد، ترجمه‌ی «نهج‌البلاغه»ی حضرت علی(ع) است.
شرح مثنوی، عرشیان، قیام حسین(ع)، زندگانی فاطمه زهرا(س)، زندگانی علی بن الحسین(ع)، شیرزن كربلا، ابوذر غفاری، گزینه‌ای از سخنان امیرالمؤمنین علی(ع)، زندگانی امام صادق(ع)، از دیروز تا امروز (مجموعه مقاله‌ها و سفرنامه‌ها)
ترجمه وی عبارتند از:
براهین‌العجم، تاریخ الاسلام التحلیلی، علی بلسان علی، شوره‌الحسین(ع)، حیات فاطمه(س)، حیاة‌الامام الصادق جعفر بن محمد(ع) و حیاة السیدة فاطمه الزهرا(س) را در كارنامه‌ی خود دارد.